L'empoissonnement est certainement l'action la plus emblématique des associations de pêche (AAPPMA), elle a pour but de palier un déficit de poissons dans certains milieux. Les empoissonnements peuvent se dérouler de deux façons différentes, soit en relâchant des poissons juvéniles (alevins) ce qui correspond à un alevinage, soit en relâchant des poissons avoisinant la taille adulte.
Quand la première façon a l'avantage d'améliorer l'acclimatation et l'intégration des poissons dans le nouveau milieu, la mortalité est aussi plus élevée et nécessite plusieurs années avant d'aboutir à des poissons maillés. La seconde permet d'ajouter des poissons d'une taille leur permettant de mieux de défendre des prédateurs. Néanmoins ces poissons ayant, pour la plupart, passés leur début de vie en milieu fermé, peuvent avoir plus de mal à s'adapter au nouveau milieu, ouvert, avec des conditions et un apport en nourriture changeant.
Les empoissonnements peuvent aussi bien concerner des carnassiers (truites, brochets, perches, black-bass) que des poissons blancs (gardons, ablettes, carpes, tanches, ...). L'ajout de poissons blancs peut notamment permettre de réguler les plantes aquatiques, quand l'ajout de carnassiers peut permettre de réguler les poissons blancs pour éviter de faire totalement disparaître les plantes aquatiques souvent utilisées comme support durant la reproduction et comme abri pour les juvéniles. C'est un compromis subtile à tenter d'atteindre, et ceci est encore plus vrai dans les milieux fermés (étang, lac).
L'empoissonnement peut aussi concerner l'ajout de nouvelles espèces au milieu, comme cela a été le cas en France pour le silure, le sandre et le black-bass. Ces cas particuliers d'empoissonnements sont fait par les Fédérations et AAPPMA après des études, pour s'assurer de ne pas déstabiliser le milieu.
